Dňa 6. marca 2015 bol po schválení vo všetkých partnerských krajinách program zaslaný zo strany Riadiaceho orgánu (RO) v Budapešti na schválenie Európskej komisii (EK). Program bol schválený vládou Slovenskej republiky uznesením č. 34/2015 dňa 21. 1. 2015. Následne EK zašle pripomienky k programu, ktoré RO zapracuje a po tomto kroku sa čaká na zaslanie tzv. „Comfort letter“ z EK, – tento krok sa očakáva v auguste 2015 a približne v októbri 2015 sa očakáva oficiálne schválenie programu Európskou komisiou. Na základe tohto listu bude možné spustiť prvú výzvu ešte pred oficiálnym schválením programu.
V Maďarsku začiatkom roka 2015 nastali vzhľadom k systému riadenia programu inštitucionálne zmeny. Riadiaci orgán, ktorým je ONEP Budapešť (Office for National Economic Planning) bol doteraz rozpočtovou organizáciou Ministerstva hospodárstva Maďarska. Odteraz už bude ONEP súčasťou ministerstva.
V dňoch 16.-18. júna 2015 sa v Bratislave uskutoční 12. rokovanie programovacieho výboru Dunajského nadnárodného programu, ktoré bude organizačne zabezpečovať odbor prierezových priorít, ÚV SR. Predsedajúcim na rokovaní bude zástupca odboru prierezových priorít. Na rokovaní sa má schváliť vyhlásenie výzvy, príručka pre žiadateľov o projekt a súvisiace dokumenty, manuál technickej pomoci, rokovací poriadok monitorovacieho výboru a organizácia národných informačných dní pre 1. výzvu na predkladanie projektov, súvisiaca s činnosťou národného kontaktného bodu.
Zamestnanci odboru prierezových priorít zabezpečujú činnosť národného orgánu, zúčastňujú na rokovaní pracovnej skupiny pre implementáciu programu, programovacieho výboru programu a budú zabezpečovať tiež funkciu národného kontaktného bodu pre program v SR.
1. výzva na predkladanie projektov sa plánuje zverejniť 23.9.2015, po obdržaní tzv. „Comfort letter“ a to aj v prípade, že Dunajský nadnárodný program ešte nebude oficiálne schválený v EK. Program podporí projekty z oblasti rámcových podmienok pre inovácie, podnikových a sociálnych inovácií, prírodného a kultúrneho dedičstva a zdrojov, manažmentu ekologických koridorov, vodného hospodárstva a predchádzania povodňovým rizikám, pripravenosti na zvládanie rizika katastrof, dopravných systémov, energetickej bezpečnosti a efektívnosti, zlepšovania inštitucionálnych kapacít pre riešenie významných spoločenských výziev. Program obsahuje aj jeden špecifický cieľ pre podporu tzv. správy a implementáciu Dunajskej stratégie. Programová oblasť zahŕňa Nemecko, Rakúsko, Českú republiku, Slovensko, Maďarsko, Slovinsko, Rumunsko, Bulharsko, Chorvátsko, Bosnu a Hercegovinu, Čiernu horu, Moldavsko, Srbsko a Ukrajinu.
Na 1. výzvu bude vyčlenených 40% rozpočtu programu. Vo všetkých relevantných dokumentoch však bude vložené upozornenie, že Dunajský nadnárodný program ešte nie je oficiálne schválený v EK, preto môžu nastať prípadné úpravy. K spusteniu výzvy zorganizuje RO dvojdňovú „Kick-off“ konferenciu pre približne 500 účastníkov v Budapešti, ktorá je plánovaná v dňoch 22.-23.9.2015 alebo 23.-24.9.2015.